mini-sl

Download Kumpulan Skripsi Lengkap:

Skripsi Farmasi ANALISIS DINAMIKA MOLEKULER SENYAWA KOMPLEKS 12 FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM UNIVERSITAS INDONESIA 12-LIPOKSIGENASE DENGAN KURKUMIN DAN DUA TURUNANNYA . Dibawah ini adalah tujuan penelitian, lokasi penelitian, bahan-bahan dan lain sebagainya yang menyangkut skripsi ini.

Tujuan Penelitian
Tujuan penelitian ini adalah memperoleh hasil analisis dinamika molekuler dari senyawa hasil penambatan kurkumin, demetoksikurkumin, dan bisdemetoksikurkumin dengan enzim 12-lipoksigenase, yang memperlihatkan kestabilan interaksi, berdasarkan nilai RMSF, energi potensial, dan kondisi ikatan hidrogen.

Lokasi Penelitian
Penelitian dilakukan di Laboratorium Komputasi Biomedik Fakultas Farmasi dan Laboratorium Komputer Fakultas Ilmu Komputer, Universitas Indonesia, Depok.

Bahan
Ligan (kurkumin, demetoksikurkumin, dan bisdemetoksikurkumin) dan makromolekul (12-lipoksigenase) hasil pemodelan homologi dan penambatan molekuler dari penelitian sebelumnya, yang dilakukan oleh Tasbichaty (2010).

Alat

Perangkat Keras,

  1. Komputer dengan spesifikasi RAM (Random Access Memory) minimal satu gigabyte, Quad Core processor (Intel® CoreTM, Amerika), Graphic Card NVIDIA Ge Force GTX 295 (Amerika), dan sistem operasi Microsoft Windows 7 Professional 64-bit (Microsoft, Amerika). Komputer terhubung dengan koneksi internet dan UPS (Uninterrupted Power Supply).
  2. Kelengkapan komputer lainnya, seperti monitor (AOC, China), CPU (Central Processing Unit) Asus (Amerika), mouse (Simbadda, Indonesia; Logitech, China) dan keyboard (Simbadda, Indonesia; Logitech, China).

Perangkat Lunak

  1. Open Babel (Hutchison, et al.)
  2. UCSF Chimera (Resource for Biocomputing, Visualization, and Informatic, University of California, San Francisco, Amerika)
  3. Amber MD (University of California, San Francisco)
  4. AmberTools (University of California, San Francisco)
  5. VMD (University of Illinois, Amerika)

Metode Pelaksanaan
Simulasi Dinamika Molekuler Simulasi dinamika molekuler dilakukan dengan perangkat lunak AMBER MD. Tahapan-tahapan dari simulasi dinamika molekuler adalah sebagai berikut:

Persiapan

a. Berkas Ligan dan Makromolekul
Persiapan dilakukan dengan terlebih dahulu menyiapkan ligan (kurkumin, demetoksikurkumin, dan bisdemetoksikurkumin) dan makromolekul (12- lipoksigenase) hasil penambatan molekuler yang dilakukan pada penelitian sebelumnya. Masing-masing ligan dan makromolekul dari hasil penelitian sebelumnya disimpan dengan format .pdb dengan software UCSF Chimera. Berkas disiapkan dengan penghilangan informasi CONNECT dan menambahkan kata TER (terminal) sebelum END.

b. Penambahan Atom Hidrogen dan Muatan Parsial AM1-BCC
Pada tahap ini dilakukan penambahan atom hidrogen pada ligan dan konversi berkas ke dalam format .mol2. Penambahan atom hidrogen dan konversi tersebut dapat dilakukan dengan program Leap yang merupakan salah satu perangkat dari AMBER, atau dengan perangkat lunak Open Babel.

Setelah penambahan atom hidrogen dan konversi ke dalam bentuk mol2, berkas ligan diberi muatan parsial, dengan perintah: antechamber –i ligan_ob.mol2 –fi mol2 –o ligan_bcc.mol2 –fo mol2 –c bcc

c. Pengujian Parameter
Perintah yang dijalankan adalah sebagai berikut: parmchk –i ligan_bcc.mol2 –f mol2 –o ligan.frcmod Setelah menjalankan perintah tersebut, akan diperoleh berkas dengan format .frcmod, yang merupakan berkas parameter, yang dapat dimuat ke dalam Leap untuk menambahkan parameter yang hilang.

d. Pembuatan Berkas Parameter Topologi dan Koordinat Input,

Penetralan Muatan Sistem, dan Penambahan Pelarut Setelah file .frcmod dibuat, berikutnya berkas ligan dan makromolekul dapat dimuat sebagai unit pada Leap. Program Leap dimasuki dengan perintah berikut: $ tleap –f leaprc.ff99SB

Tahap berikutnya adalah pembuatan berkas parameter topologi (.prmtop) dan koordinat input (.inpcrd) untuk ligan, makromolekul, dan kombinasi makromolekul-ligan. Kemudian menghitung muatan ligan, penambahan ion untuk menetralkan muatan ligan, penambahan pelarut air kotak oktahedron dengan jarak kotak 12 Å untuk kombinasi makromolekul-ligan, dan membuat berkas parameter topologi (.prmtop) serta koordinat input (.inpcrd) untuk makromolekul-ligan yang telah dilarutkan. Tahap-tahap tersebut dijalankan menggunakan berkas input mmpbsa_leap.in.

Dibawah ini adalah tujuan penelitian, lokasi penelitian, bahan-bahan dan lain sebagainya yang menyangkut Skripsi Farmasi ANALISIS DINAMIKA MOLEKULER SENYAWA KOMPLEKS 12 FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM UNIVERSITAS INDONESIA 12-LIPOKSIGENASE DENGAN KURKUMIN DAN DUA TURUNANNYA ini. Semoga dapat bermanfaat bagi para mahasiswa yang sedang mengerjakan skripsi.

Dapatkan koleksi 5.500 skripsi super lengkap dan berkualitas mulai dari cover, halaman pendahuluan, BAB I s.d BAB VI, penutup, lampiran, sampai daftar pustaka untuk semua jurusan. Silahkan lihat atau klik di sini.

Filed under: Farmasi

Like this post? Subscribe to my RSS feed and get loads more!