mini-sl

Download Kumpulan Skripsi Lengkap:

Skripsi Farmasi PENAPISAN IN SILICO ANTIMALARIA DARI BASIS DATA TANAMAN OBAT INDONESIA TERHADAP TARGET PLASMEPSIN . Berikut ini adalah uraian tentang tujuan penelitian, alat yang digunakan dan cara kerja yang digunakan dalam penelitian. Informasi ini sangat berguna bagi anda yang sedang menyusun skripsi farmasi

Tujuan Penelitian
Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh kandidat senyawa inhibitor atau senyawa penuntun dengan cara penambatan molekuler menggunakan ligan dari Basis Data Tanaman Obat Indonesia yang berasal dari bahan alam yang memiliki aktivitas terhadap plasmepsin sebagai tahap awal dari rangkaian proses pencarian obat antimalaria.

Alat-Alat yang Digunakan

Perangkat Keras

Perangkat keras berupa komputer dengan spesifikasi RAM (Random Access Memory) minimal empat gigabyte, Quad Core processor (Intel® CoreTM, Amerika), Graphic Card NVIDIA Ge Force GT 9400 (Taiwan), dan sistem operasi Microsoft Windows 7 (Microsoft, Amerika).

Kelengkapan komputer lain juga dibutuhkan, yakni monitor (AOC, Cina), CPU (Central Processing Unit) Asus (Taiwan), mouse (Logitech, Cina) dan keyboard (Simbadda, Indonesia). Komputer terhubung dengan koneksi internet dan UPS (Uninterrupted Power Supply).

Perangkat Lunak

Perangkat lunak berupa UCSF Chimera (Resource for Biocomputing, Visualization, and Informatics, University of California San Fransisco, Amerika), Vega ZZ (The Drug Design Laboratory, University of Milan, Italia), GOLD (The Cambridge Crystallographic Data Centre, Inggris), dan PyMOL (DeLano Scientific LLC, Italia).

Bahan
Struktur Tiga Dimensi Plasmepsin

Struktur tiga dimensi plasmepsin yang dipilih adalah plasmepsin II karena merupakan plasmepsin yang paling sering dipelajari (Friedman & Caflisch, 2007). Struktur Tiga Dimensi Ligan Ligan yang digunakan dalam penelitian ini adalah struktur tiga dimensi dari tanaman obat di Indonesia yang terdapat dalam Basis Data Tanaman Obat Indonesia (Yanuar, Mun’im, Lagho, Syahdi, Rahmat, & Suhartanto, 2011).

Cara Kerja
Penyiapan Struktur Protein

Pengunduhan makromolekul plasmepsin dari Protein Data Bank dengan situs http://www.rscb.org/pdb. Identitas makromolekul yang diinginkan yakni 1LEE yang terikat dengan inhibitor R36 atau disebut juga 4-amino-N-{4-[2-(2,6- dimethyl-phenoxy)-acetylamino]-3-hydroxy-1-isobutyl-5-phenyl-pentyl}benzamide (C32H41N3O4). Data makromolekul disimpan dalam bentuk .pdb.

Pemisahan Residu dari Makromolekul Plasmepsin

Makromolekul dipisahkan dari pelarut dan ligan atau residu non standar. Pemisahan makromolekul dari molekul yang tidak diperlukan dilakukan dengan menggunakan program UCSF Chimera. Hasil pemisahan tersebut akan digunakan untuk penambatan. Hasil pemisahan disimpan dalam bentuk .pdb.

Optimasi Makromolekul Plasmepsin
Optimasi struktur tiga dimensi makromolekul dilakukan dengan menggunakan perangkat lunak Vega ZZ. Optimasi tersebut meliputi penghapusan molekul air, penambahan atom hidrogen, perbaikan muatan dengan menambahkan muatan parsial Gasteiger charge, pemberian force field AutoDock, dan penerapan minimisasi.

Minimisasi makromolekul dilakukan dengan dua cara, yaitu dengan metode steepest descent sebanyak 100 kali dan dengan metode conjugate gradients sebanyak 1000 kali. Untuk perangkat lunak GOLD, hasil optimasi disimpan dalam bentuk .pdb.

Validasi Metode Penapisan In Silico

Validasi metode penapisan in silico dilakukan dengan cara penambatan molekuler. Kontrol positif diunduh dari http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/ dan http://rcsb.org selanjutnya dilakukan optimasi dan penambatan molekuler dengan makromolekul target. Penambatan ini dilakukan dengan menggunakan perangkat lunak GOLD (Lampiran 2).

Penyiapan Struktur Ligan

Ligan yang digunakan sebanyak 1.449 ligan diperoleh dari Basis Data Tanaman Obat Indonesia dalam bentuk tiga dimensi dengan format .mol.

Berikut ini adalah uraian tentang tujuan penelitian, alat yang digunakan dan cara kerja yang digunakan dalam Skripsi Farmasi PENAPISAN IN SILICO ANTIMALARIA DARI BASIS DATA TANAMAN OBAT INDONESIA TERHADAP TARGET PLASMEPSIN. Semoga Informasi ini dapat membantu para mahasiswa yang sedang menyusun skripsi.

Dapatkan koleksi 5.500 skripsi super lengkap dan berkualitas mulai dari cover, halaman pendahuluan, BAB I s.d BAB VI, penutup, lampiran, sampai daftar pustaka untuk semua jurusan. Silahkan lihat atau klik di sini.

Filed under: Farmasi

Like this post? Subscribe to my RSS feed and get loads more!